Si bien Harberton no se encuadra dentro de ninguna figura actual de área protegida, su valor radica en el hecho de que es una de las áreas más antiguas que presentan dentro de su plan de manejo ganadero, sitios de conservación.  La estancia tiene una superficie aproximada de 20.000 hectáreas que incluyen montañas, bosques, lagos e islas, y desde la apertura de la ruta en 1978 ha sido manejada como una reserva natural. Dos sitios tienen especial protección: “El Parque”, cerca de la estancia, y la Isla Yécapasela (Isla Martillo), la cual alberga una colonia de  pingüinos.

La reserva denominada “El Parque” es una porción de bosque mixto, representativo de la franja costera en esta zona de la isla. Es  la reserva más antigua de la isla, ya que fue cercada por la familia Bridges en 1890 para proteger los árboles del ganado. Durante el recorrido guiado podemos observar ejemplares de lenga, canelo, ñire y leña dura (maitén), entre otras especies autóctonas.  También hay réplicas de las  chozas que construían los nativos en la zona.

En la Isla Yécapasela hay una colonia  de pingüinos de Magallanes durante la primavera y verano, y  parejas de pingüinos de Papúa que permanecen todo el año.  Ocasionalmente se ha avistado una pareja de pingüinos Rey. La isla es el hábitat perfecto para la colonia, ya que hay abundante comida y muy pocos depredadores en el área. El suelo y la vegetación proveen un refugio adecuado para los nidos y crías. Además de los pingüinos, en los acantilados del sur de la isla hay parejas de cormoranes roqueros  que anidan en ese sector. También es posible observar skúas.